ينصح خبراء التغذية عادًة، بتناول بذور الكتان، واستخدامها في تحضير الأطعمة الصحية، لاحتوائها على فيتامينات: A ،B1 ،B2 ،B3 ،B6 ،B9 ،C فضلا عن احتوائها على الألياف وأحماض أوميجا 3، وعلى الرغم من فوائدها إلا إن بذور قد تحمل العديد من الأضرار الصحية. 

ويرصد "هن" أضرار بذور الكتان:

الحساسية، كظهور الطفح الجلدى.

تناول بذور الكتان بشكل كبير، يحفز الإصابة بالبراز، أو التقيؤ المصحوب بدم.

انتفاخ ألم البطن.

العقم:

يؤدي تناول بذور الكتان بكثرة، لاضطرابات الدورة الشهرية، لذا يفضل الابتعاد عنها خاصة إذا كنتي تعانين من تكيسات المبيض، والأورام الليفية الرحمية، لأن الإفراط في تناول البذور قد يؤدي للعقم.

يؤدي تناولها عادة للاصابة بالإمساك، كما إن الإفراط فيها يسبب الإسهال في بعض الأحيان، بسبب احتواءها على نسبة كبيرة من الألياف.

الإجهاض:

حيث يضمن تأثير بذور الكتان، تفس تأثير هرمون الاستروجين على الحيض، لذا يجب تجنبها خلال فترة الحمل.